Créée au 1er janvier 2000, ArchAm est rattachée à l’Institut des sciences humaines et sociales (INSHS - CNRS), avec un rattachement secondaire à l’Institut de l’écologie et de l’environnement (INEE - CNRS).
Elle fonctionne également en partenariat avec le Musée du Quai Branly, les Centres français à l’étranger du ministère des Affaires étrangères et européennes (le Centre d’études mexicaines et centraméricaines (CEMCA), et l’Institut français d’études andines (IFEA)), et le ministère de la Culture et de la Communication (MCC-DRAC Guyane et Martinique).
L’unité de recherche compte au 1er janvier 2012, 16 membres statutaires (7 chercheurs CNRS, 4 enseignants-chercheurs de l’université Paris 1, 2 ITA CNRS, 3 chercheurs du MCC). A ce total viennent s’ajouter 5 jeunes chercheurs non permanents et 24 chercheurs associés, qui jouent souvent un rôle très actif dans les programmes de recherche.
Enfin, le laboratoire accueille une trentaine de doctorants, dont bon nombre effectue sa recherche doctorale dans le cadre spécifique de ses programmes ou de ses axes de recherche.

Le financement d’ ArchAm est assuré par ses deux tutelles (CNRS et université de Paris 1) et par le ministère de la Culture et de la Communication. De leur côté, les différents programmes de recherche en Amérique latine sont subventionnés en grande partie par le ministère des Affaires étrangères et européennes (DGCID, Direction de la coopération scientifique, universitaire et de la recherche, Division des sciences sociales et de l’archéologie), ceux dans les DOM-TOM par le ministère de la Culture et de la Communication, et ceux dans le monde arctique par l’Institut polaire Paul Emile Victor. Par ailleurs, ces programmes peuvent bénéficier de soutiens matériels ponctuels d’institutions publiques des pays hôtes ou d’entreprises privées.

ArchAm est aussi intégrée dans le Réseau de recherche européen en archéologie américaniste, dans lequel elle joue un rôle moteur depuis sa création en 2007, et qui comprend plusieurs universités européennes. La vie de ce réseau européen se structure autour de journées doctorales européennes annuelles, d’un thème de recherche transversal sur les notions de « Crises américaines » et de la mise en place d’un Master Européen en archéologie et art précolombiens (MEARAP).